2018年末時点で、国内避難民が約200万人、南スーダンからの難民が約85万1000人、避難生活を送っている。2015年1月には、国境なき医師団（MSF）が南コルドファン州で運営していた病院がスーダン空軍に爆撃される事件も起きたが、基礎医療、外科治療などの医療援助を継続。はしか、マラリア、カラアザールなど感染症対策でも保健省を支援している。

西部のダルフール地方では、北ダルフール州の国内避難民を対象に産科医療を提供。東ダルフール州では南スーダン人難民にも対応する一方、西ダルフール州の小児診療所は保健省に引き継いだ。南部の白ナイル州では、南スーダン人難民と地元のスーダン人住民合わせて10万人以上の保健医療を担う施設を建設・運営している。

MSFは1979年にスーダンで初めて活動。2018年にはスタッフ867人が活動し、1480万ユーロ（約19億3000万円）を支出した。