2019年、スーダンで経済・政治危機に対し大規模な抗議行動が起きた。事態を受けて、国境なき医師団（MSF）は、既存の活動を調整して頻繁に短期間の緊急援助を行った。複数の州で行った洪水被害対応や、首都ハルツームで「座り込み」エリアに集まった人びとのへの脱水症状治療や、デモ隊と治安部隊の衝突時に行った治療はその例である。

また2019年末現在も200万人近くの国内避難民が国内で避難。難民も多く、そのほとんどは南スーダン人で、不安定な状況で生活している。医療体制は極めて弱い。そのため、MSFは難民キャンプで基礎医療を担い、地域住民も利用できるようにしている。

MSFは1983年にスーダンで初めて活動。2019年にはスタッフ748人が活動し、1870万ユーロ（約22億8200万円）を支出した。