HIV／エイズの感染率が世界で最も高い。成人の13％以上が感染しているとされ、結核との二重感染で毎年3万4000人が亡くなる。国境なき医師団（MSF）は、2000年代初頭から抗レトロウイルス薬（ARV）治療の普及支援に着手。各地域に治療グループを作り、患者が相互に協力することで通院などの負担を減らす取り組みを行っている。また、2017年から新たな取り組みとして、HIV／エイズとC型肝炎を併発した患者の治療を開始した。

MSFは1984年に初めてモザンビークで活動。2017年にはスタッフ466人が活動し、1040万ユーロ（約13億1700万円）を支出した。