国境なき医師団（MSF）は2004年、2007年、2009年のスマトラ沖地震、2006年のジャワ島中部地震による壊滅的な被害への対応として緊急援助を実施。2018年も相次ぐ地震、津波、噴火などの自然災害を受け、ロンボク島とパル市で活動した。また、2月に開始したバンテン州パンデグランのプログラムでは若者の保健医療サービスの利用機会拡大を目指すほか、保健省のリプロダクティブ･ヘルス（性と生殖に関する健康）指針の策定支援や、全国的な問題となっているメタノール毒性にも取り組んでいる。MSFは1995年にインドネシアで初めて活動。2018年にはスタッフ35人が活動し、90万ユーロ（約1億1700万円）を支出した。