2019年、国境なき医師団（MSF）はブルンジ全土でマラリアとコレラの大流行に対応し、また首都ブジュンブラでは質の高い外傷治療を提供した。

2019年は1年間に900万人近いマラリア患者が報告された。MSFは、同国で最も深刻な被害を受けた地域のひとつであるカンイアンヤ保健区域で対応を開始。6月に14カ所の診療所と2カ所の病院で無償のマラリア治療を行い、9月には各家庭で殺虫剤噴霧による蚊の駆除を行った。4月と12月には、3カ所のコンゴ人難民キャンプでも同様の駆除活動を実施した。

これまでにない規模のコレラ流行に対応するため、MSFは5カ所のコレラ治療センターを建設・支援し、スタッフ研修や啓発キャンペーンを支援した。うち1カ所は首都ブジュンブラにあり、MSFと保健省が共同で運営している。

また、首都にあるベッド数68床のラルシュ・ドゥ・キゴベ病院では、外傷ややけど患者へのケアを継続的に行っている。

MSFは1992年にブルンジで初めて活動。2019年にはスタッフ349人が活動し、890万ユーロ（約10億8600万円）を支出した。