国境なき医師団（MSF）は、首都ブジュンブラの病院で、心的外傷などを抱える患者のケアを継続して実施。暴力の発生件数は、2015年の市民による暴動以来、減少している。だが、貧困などを理由に場所を問わず発生しており、状況が悪化している。MSFは18000件を超える外来患者を診察し、4000件以上の手術を実施した。

またギテガ州では、マラリア流行に対応。地方にある医療施設を援助し、3万人以上の患者を治療した。MSFは1992年にブルンジで初めて活動。2017年にはスタッフ350人が活動し、750万ユーロ（約9億5000万円）を支出した。