長年にわたる紛争が原因で、保健医療体制が壊滅している。国境なき医師団（MSF）は、地域の病院と連携し、基礎医療、救急・外科治療、栄養治療、慢性疾患、心理・社会面のケアなど総合的に活動を展開している。2011年以降、シリア内戦を逃れてきた人びとがクルド人自治区内の難民キャンプに滞在。一方、イラク国内での戦闘激化により、同自治区をはじめ国内避難民の人口も急増。MSFは緊急援助として複数の地域で医療を提供している。MSFは2003年にイラクで初めて活動。2017年にはスタッフ1620人が活動し、5760万ユーロ（約72億9800万円）を支出した。