東部のダダーブのソマリ人難民キャンプ群には推計23万人が暮らし、国境なき医師団（MSF）を含む複数の援助団体が活動している。ケニア政府が2016年5月にキャンプ群の閉鎖を宣言し混乱が広がったが、ケニアの高等裁判所はこれを違法とする判決を下した。首都ナイロビでは、性暴力被害者の治療やC型肝炎の治療を行っている。スラム地区・キベラで行っていた活動は、2017年に現地保健当局へ引き継いだ。そのほか、HIV／エイズ、産科医療、非感染性疾患の治療などにも取り組んでいる。MSFは1987年にケニアで初めて活動。2017年にはスタッフ796人が活動し、2550万ユーロ（約32億3100万円）を支出した。