国境なき医師団（MSF）は2016年、現地団体「リカーン」と共同で産科プログラムを開始。首都マニラのスラム地区で、家族計画指導や性感染症の診断・治療方法の改善を指導した。また、子宮頸がんの検査・治療、集団予防接種にも取り組んでいる。
2017年5月には南部ミンダナオ島マラウィ市を「イスラム国」系過激派勢力が占拠し、37万人の住民が避難する事態に発展。MSFは6月から避難者の援助にあたり、水や衛生インフラの整備、生活必需品の配布、心のケアなどを実施した。

MSFは1987年に初めてフィリピンで活動。2017年にはスタッフ25人が活動し、180万ユーロ（約2億2800万円）を支出した。