国境なき医師団（MSF）はフィリピンの首都マニラで、スラム地域における性と生殖に関する医療援助と、紛争が終結したミンダナオの避難民の帰還に力を入れている。

首都の中でも最も人口密度が高く、貧困地域として知られるサンアンドレスとトンドでは、2カ所の診療所で、リプロダクティブ・ヘルスケア（性と生殖に関する医療）を実施。現地団体「リカーン」と協力し、特に少女や若い女性の健康ニーズに焦点を当て、家族計画、産前・産後のケア、性感染症の管理、子宮頸がんのスクリーニングと治療、予防接種を行っている。性暴力を受けたため治療に来る人も増え続けている。トンドを中心に移動診療も週に4回運営している。

MSFは、フィリピンで最も健康指標が悪く、紛争が頻発するイスラム教ミンダナオ州バンサモロ自治区のマラウィ市でも活動を継続。2019年も7万人余りが国内避難民となっており、医療事情が悪いため、3カ所で基礎医療と心のケア、非感染性疾患の治療を支援している。

MSFは1987年にフィリピンで初めて活動。2019年にはスタッフ56人が活動し、200万ユーロ（約2億4400万円）を支出した。