各種武装勢力がまん延し、2019年は治安が一層悪化。国連によると、推定200万余りが国内避難民となり、このうち100万人余りは援助を全く受けられないでいるとされる。

新たなテロ対策法により、人道援助活動も制限されているが、国境なき医師団（MSF）は、国内で14のプログラムを運営。紛争や避難民の影響を受けた人びとを支援し続けている。

医療活動は病院の救急室、手術室、産科病棟、小児病棟や小児病院の運営。栄養失調、予防接種、マラリア、結核、はしか、下痢、HIVの治療、性暴力の被害者のケア、心のケア、産科フィスチュラや鉛中毒患者、水がん治療も続けた。2018年に流行したラッサ熱に現地医療体制で対応できるよう、研修を行った。このほか、隣国カメルーンから来た難民の治療はナイジェリア保健省に移譲した。

MSFは1996年にナイジェリアで初めて活動。2019年にはスタッフ2448人が活動し、4720万ユーロ（約57億5900万円）を支出した。