ウガンダの難民受入数は122万人。世界第3位の難民受け入れ国にあたる。また、HIVとともに生きる人も120万人おり、国境なき医師団（MSF）はアルーア県とカセセ県で最困窮者のための活動に重点を置いている。

難民に対しては性別・ジェンダーに基づく暴力の被害者への医療・心のケアと安全な中絶に注力。

子どもや青年、進行性HIV患者やウイルス負荷が高い人びと、第3選択薬を必要としている患者の医療格差解消にも取り組んでいる。

ウガンダでは近年、エボラ出血熱とマールブルグ熱が繰り返し発生。2018年8月初旬にコンゴ民主共和国（以下、「コンゴ」）でエボラ発生が宣言された後、MSFはウガンダ国家対策本部の支援を開始するとともに、コンゴとの国境付近にエボラ治療ユニットを開設。2019年にウガンダで確認されたエボラ患者は3人にとどまった。

MSFは1986年にウガンダで初めて活動。2019年にはスタッフ415人が活動し、610万ユーロ（約7億4400万円）を支出した。