長引く内戦と干ばつで大勢の人が国内外へと避難し、難民・国内避難民キャンプで過酷な生活を送っている。長く続いた無政府状態のため医療保健制度は壊滅的で、子どもの栄養失調が危機的状況にあるほか、はしかやコレラといった感染症の流行も後を絶たない。

国境なき医師団（MSF）は1991年から22年間ソマリアで活動を続けていたが、人道援助団体への脅迫・襲撃や略奪が相次ぎ、MSFもたびたび被害を受けていたことから2013年8月にやむなく活動を中止、撤退。

その後も情勢の観察を続け、2017年5月に活動を再開した。ガルカイヨ市北部のムドゥグ州立病院で小児科と栄養治療を提供したほか、11月にはエチオピア国境付近の2ヵ所で栄養治療の緊急プロジェクトを立ち上げた。

MSFは1979年に初めてソマリアで活動。2017年にはスタッフ39人が活動し、470万ユーロ（約5億9550万円）を支出した。