国境なき医師団（MSF）は政府と連携し、結核とHIV／エイズの治療の質向上と普及を図っている。2018年に国内で治療を始めた結核患者2220人のうち、660人が薬剤耐性結核で、さらにそのうちの450人が滞在耐性結核、70人が超多剤耐性結核だった。2017年に着手した、2つの新しい結核薬ベダキリンとプレトマニドの臨床試験には104人の被験者が参加した。また、HIV／エイズ・ケアにも携わり、2013年に立ち上げた首都タシケントのプロジェクトでは、C型肝炎や梅毒などの性感染症に二重感染した患者の総合的な治療を重視。性労働者、薬物注射の使用者、男性間性交渉者らリスク集団が対象の診療所でも援助に乗り出した。

MSFは1997年にウズベキスタンで初めて活動。2018年にはスタッフ271人が活動し、860万ユーロ（約11億2000万円）を支出した。