他の旧ソ連圏と同様、結核の流行が課題となっている。国境なき医師団（MSF）は2011年、多剤耐性結核（MDR-TB）の小児向け治療を開始。小児患者だけでなくその家族も対象とし、検査や予防を提供している。また、治療は長期にわたることから、心理・社会面のケアも重視。子どもたちが完治後に復学できるようにバックアップしている。2015年には、半世紀ぶりに登場した結核治療の新薬「ベダキリン」を導入した。

MSFは1997年に初めてタジキスタンで活動。2017年にはスタッフ111人が活動し、4220万ユーロ（約2億7870万円）を支出した。