他の旧ソ連圏と同様、結核の流行が課題。国境なき医師団（MSF）は2011年、多剤耐性結核（MDR-TB）の小児向け治療を開始。接触者の追跡と検査、子どもにやさしい処方、新薬の導入、レジメンの短縮、家族による直接観察療法（患者が薬を飲むところを家族が確認する）などを行っている。

2019年、首都ドゥシャンベでDR-TB治療を開始した46人の小児患者のうち、40人が注射なしの治療を受け始めた。そのほかの人も途中から注射による投薬を中止し、経口薬のみの治療に切り替えた。

MSFは1997年にタジキスタンで初めて活動。2019年にはスタッフ112人が活動し、270万ユーロ（約3億2900万円）を支出した。