亡くなる子どもを減らすため、栄養失調の対応や、マラリアの流行時期のケアなどに力を入れている。また、ディファ県で起きた武力衝突を逃れた難民らへ医療援助活動を実施した。

ディファ県では2017年4月、E型肝炎の流行宣言が出された。MSFは治療以外にも、水を塩素処理して消毒した他、石鹸、手袋などが入った衛生用品のキットも配布。また、病気の予防とその症状について知ってもらう機会を作り、20万人以上を啓発することができた。

一方、同じ年に髄膜炎も流行。国の保健省と協力して、流行のひどかった地域で約46万人以上の人びとにワクチン接種をした。MSFは1985年にニジェールで初めて活動。2017年にはスタッフ2093人が活動し、2700万ユーロ（約34億3300万円）を支出した。