強盗や拉致などの暴力被害が多く発生し、2019年はニジェールでチャド湖周辺を中心に大勢の人が避難。国境なき医師団（MSF）は、国内13カ所で難民や国内避難民をはじめ、地元住民への援助を続けた。内容は栄養治療、移動診療、手術室の開設支援、予防接種や栄養失調のスクリーニング、電話相談や砂漠での捜索活動を含めた移民・難民申請者支援、小児科医療、治療と地域保健推進員研修を通じたマラリア治療の拡充、また、南部で洪水が起きたため、緊急人道援助を行った。なお、ディファ県マイネ・ソロアでは事務所への武装襲撃を受けて、活動を中止した。

MSFは1985年にニジェールで初めて活動。2019年にはスタッフ1829人が活動し、2800万ユーロ（約34億1600万円）を支出した。