国境なき医師団（MSF）は、2012年に活動を行政に引き継いで撤収していたが、2014年のエボラ出血熱の大流行で緊急援助を再開。公的医療体制がエボラで壊滅的な打撃を受けたため、流行が終息した2015年以降も援助活動を続けている。首都モンロビアでは5歳未満児を対象に病院を運営してきたが、2017年からは対象年齢の上限を15歳に引き上げ、マラリアや重度栄養失調の治療、救急・入院治療を提供した。

MSFは1990年に初めてリビアで活動。2017年にはスタッフ290人が活動し、580万ユーロ（約7億3490万円）を支出した。