40年余りにわたって紛争と情勢不安が続き、アフガニスタンの経済とインフラは荒廃し、多くの人びとが人道援助に頼って生活を送っている。

首都カブールでは、2019年3月に2009年より支援してきたアーメッド・シャー・ババ病院をアフガニスタン保健省に移譲。東部ホースト州では2012年より産科病院を運営し、2019年にはホースト州全域の半数と推定される2万3000人の分娩を介助した。2009年から南部ラシュカルガの地域基幹病院、2018年から西部へラート州の地域基幹病院の緊急外来をサポートしている。カンダハール州では2016年から薬剤耐性結核患者の診療を行っている。

北部クンドゥーズ州では、2017年7月に外来患者を受け入れる診療所を開設した。この地では2015年10月3日、外傷センターが米軍による爆撃で破壊され、医師や患者ら42人が命を奪われた。2019年にはクンドゥーズ州における活動の知名度が上がり、外傷診療所に来る人の数が30％ほど増加。2015年10月3日に米軍による爆撃で破壊されたものとは別に、新たな外傷治療施設の建設が進んでいる。開院は2020年後半の見通し。

MSFは、1980年にアフガニスタンで初めて活動。2019年にはスタッフ2388人が活動し、3540万ユーロ（約43億1900万円）を支出した。