紛争、荒廃した経済、干ばつで疲弊した国内各地で、救急救命外来、小児科、産科を中心に医療活動をしている。

首都カブールでは、2009年より保健省のアーメッド・シャー・ババ病院を支援している。外来部門では、診療100万件、緊急外来46万件を担い、2018年12月に同省に引き継いだ。入院部門はサポートを続けている。ダシュ・バルチ病院では、産科を24時間サポートしている。

東部コーストでも2012年より産科病院を運営。2009年から南部ラシュカルガの地域基幹病院、2018年から西部へラットの地域基幹病院の緊急外来をサポートしている。

北部クンドゥースでは、2017年7月に外来患者を受け入れる診療所を開設した。この地では2015年10月3日、外傷センターが米軍による爆撃で破壊され、医師や患者ら42人が命を奪われた。紛争下でも医療活動と傷病者を保護すると国際ルールが守られるよう、一般社会に訴えていく活動を続けている。

MSFは、1980年にアフガニスタンで初めて活動。2017年にはスタッフ2514人が活動し、3200万ユーロ（約41億7000万円）を支出した。