国境なき医師団（MSF）は2017年、紛争やマラリアなどの流行に起因する緊急医療ニーズに対応した。これまで実施していた保健医療プログラムも継続している。 南スーダンでは、2013年の新たな紛争以来、何万もの人が亡くなっている他、3人に1人が家を追われている。約200万人が近隣諸国に避難したが、そのまた200万人が国内避難民となっている。MSFは、病院や診療所で一次及び二次医療プログラムを運営しているほか、国内避難民や遠隔地のコミュニティに対するアウトリーチ活動を実施。予防接種キャンペーンなどを展開している。MSFは1983年に南スーダンで初めて活動。2017年にはスタッフ3574人が活動し、7400万ユーロ（約93億7600万円）を支出した。