2013年12月から続く紛争で、200万人が難民となって隣国へ逃げ、国内でも200万人が住まいを追われて避難民キャンプなどで暮らす。NGOを狙った攻撃も断続しており、国境なき医師団（MSF）も、医療活動の中断を余儀なくされたケースがあった。

MSFは各地で16のプロジェクトを展開するとともに、紛争に起因する緊急医療ニーズにも対応した。町から遠く離れた場所に逃げている人たちに対しては、北部の湿地帯オールド・ファンガク、争いが勃発したウラン、北部アブロク、南部のイェイ、ピボール、ムンドリなどで医療援助活動を展開している。文民保護区では、国内最大のベンティウで160床、マラカルでは40床の病院を運営している。

アウェイル病院では母子保健を続け、各地でマラリアの治療にもあたっている。元・子ども兵士が地元の地域社会に溶け込めるように支援するプログラムもしている。

MSFは1983年に南スーダンで初めて活動。2018年にはスタッフ3682人が活動し、8330万ユーロ（約108億万円）を支出した。