長年にわたる内戦の後に平和な時代が訪れたにもかかわらず、医療にアクセスできる人は全人口の半数に満たない。230万人が難民となって外国へ逃れ、国内でも187万人が住まいを追われて避難民キャンプなどで暮らす。NGOを狙った攻撃も断続的に発生しており、国境なき医師団（MSF）も、医療活動の中断を余儀なくされたケースがあった。

MSFは各地で19のプロジェクトを展開。内容は予防接種を含めた感染症対応、非感染症治療、自然災害被害後の緊急対応、移動診療、給排水設備設置、救援物資配布、心のケアなど多岐にわたる。

スーダンと南スーダンの間で帰属が問われているアビエイでは、2019年2月に病院の建て替えを完了させた。この地域で唯一の二次医療機関として、現地住民の健康を支えていく。

MSFは1983年に南スーダンで初めて活動。2019年にはスタッフ3615人が活動し、8540万ユーロ（約104億2000万円）を支出した。