最貧国の一つに挙げられるこの国では、政情不安の影響もあり、公的医療体制の整備が遅れている。国境なき医師団（MSF）は、小児医療を中心に活動。現地で多い呼吸器感染、マラリア、下痢、髄膜炎のほか、新生児に多い窒息死防止と新生児敗血症に対応している。

小児救急病棟にトリアージシステムを構築し、低所得国では通常行われていない新しいプロトコルや技術を導入した上で保健省職員の研修も実施。小児医療の向上に貢献している。

MSFは1998年にギニアビサウで初めて活動。2019年にはスタッフ247人が活動し、400万ユーロ（約4億8800万円）を支出した。