世界の中で最貧国の1つに挙げられるこの国では、政情不安の影響もあり、公的医療体制の整備が遅れている。国境なき医師団（MSF）は、子どもの死亡率の低下、栄養状態の改善、マラリア対策を目的とした医療援助を継続。首都ビサウでは保健省と連携し、国内唯一の三次医療病院で、小児救急、入院栄養治療、小児・新生児集中治療など子どもの健康に重点を置いたプロジェクトを展開している。

MSFは1998年にギニアビサウで初めて活動。2018年にはスタッフ289人が活動し、450万ユーロ（約5億8700万円）を支出した。