世界の中で最貧国の1つに挙げられるこの国では、政情不安の影響もあり、公的医療体制の整備が遅れている。国境なき医師団（MSF）は、子どもの死亡率の低下、栄養状態の改善、マラリア対策を目的とした医療援助を続けている。2016年からは保健省と連携し、首都ビサウにある国の主要な小児科病院で、小児集中治療の提供を開始した。MSFは1998年にギニアビサウで初めて活動。2017年にはスタッフ298人が活動し、530万ユーロ（約6億7150万円）を支出した。